סיפר  ר'  אליהו  שטרית  שליט"א,  כי  פעם  ישב  מרן בחדרו  ולמד  מוסר,  מתוך  הספר  "אורחות  צדיקים", מרן  אשר  חשב  לתומו  שאין  איש  שומע  אותו  היה מדי  פעם  מפסיק  מלימודו  ומכה  על  ברכיו  בצער, באומרו  "עובדיה  אתה  שומע  כמה  חומר  עניין פלוני",  כך  היה  מדבר  ומייסר  את  עצמו  כמה  וכמה פעמים,  כל  זה  דבר  שלדעתו  הוא  צריך  להתחזק  בו. ר'  אליהו  ששהה  בחדר  הסמוך  עמד  נדהם.  הוא  לא האמין  למראה  עיניו,  היאך  מרן  שליט"א  שכל  כולו תורה  וקודש  קודשים  לומד  מוסר.  אדם  זקן  ושבע ימים   מה  כבר  יש  לו  לתקן.  ניקח  מזה  מוסר  עצום!

בשנת תשל"ג כשנפתח הכולל החשוב "חזון עובדיה" נפל ויכוח בין הגאון רבי יעקב יוסף שליט"א למורינו ראש הישיבה הגאון רבינו יצחק יוסף שליט"א, בעניין לימוד המוסר, שהרי כתב החיד"א שעל ידי לימוד ההלכה האדם קונה יראת שמים, ואם כן סבר רבי יעקב שאין כל סיבה ללמוד מוסר. אך הגאון רבינו יצחק סבר שאף על פי כן יש ללמוד מוסר חצי שעה ביום. הפנו את שאלתם למרן שליט"א, וענה מרן, שמורינו ראש הישיבה הגאון רבינו יצחק יוסף שליט"א צודק וכך יש לנהוג, וכך הנהיגו בכולל בזמנו. הבה נתחזק בלימוד המוסר  ובהיות שזו דעתו הברורה  של מרן שליט"א!!!